phpMyAdmin nabízí široké možnosti pro změnu vzhledu. Jednodušší úpravy můžeme udělat pomocí nastavení, kompletní změnu nám pak umožní témata.
Levý panel ve výchozím nastavení je optimalizován pro velké množství databází a tabulek. Pokud tabulek máme méně, můžeme použít Javascriptový rozbalovací strom. To usnadní přechod mezi tabulkami v různých databázích.
$cfg['LeftFrameLight'] = FALSE;
Pokud již máme stromovou strukturu, je možné jí ještě rozšířit na úrovni tabulek. To se obzvlášť hodí, pokud máme jedinou databázi a v ní mnoho tabulek, které patří k různým projektům. Aby toto bylo možné, musí být tabulky patřící k sobě pojmenovány s předponou, například pma_cosi. Nastavením $cfg[‚LeftFrameTableSeparator‘] na znak (nebo řetězec) oddělující onu příponu budeme mít tabulky strukturované podle projektů:
$cfg['LeftFrameTableSeparator'] = '__';
V levém panelu pak můžeme vidět například následující strom:

Při vytváření tabulky se ze zapnutými transformacemi zobrazuje mnoho položek a obvykle se nevejdou na obrazovku. Toto zobrazení je možné otočit o devadesát stupňů, takže parametry jednoho sloupce budou zobrazeny pod sebou a zaberou méně místa. Po nastavení
$cfg['DefaultPropDisplay'] = 'vertical';
tedy získáme:

Příliš dlouhý text se při procházení tabulek zkracuje na 50 znaků, což může být v mnoha situacích na škodu, vždy při prohlížení tento limit můžeme obejít pomocí tlačítka nebo ho lze nastavít konfigurační volbou
$cfg['LimitChars'] = 100;
Stejně tak při úpravách polí CHAR a VARCHAR může být pole typu input příliš malé, tak ho můžeme nahradit polem textarea, které nám umožní i zadávat text obsahující více řádek:
$cfg['CharEditing'] = 'textarea';
V konfiguraci můžeme ovlivnit i velikost editačních polí ($cfg[‚CharTextareaCols‘] a $cfg[‚CharTextareaRows‘]) a také jejich automatické označování ($cfg[‚TextareaAutoSelect‘]), které, obzvláště s automatickým kopírováním do schánky, obvykle působí uživatelům používajícím XWindows víc škody než užitku.
Zásadnější změnu vzhledu můžeme docílit pomocí témat. Téma můžeme buďto stáhnout se stránek s tématy, nebo si vytvořit vlastní. Tvorba vlastního tématu bude popsána později, tentokrát se zaměříme jen na instalaci tématu. Témat je k dispozici poměrně hodně, ale žádné se zatím neodhodlalo k zásadnější změně rozhraní a všechna se drží zažitého stylu phpMyAdmina, takže můžete vybírat podle barevných preferencí. Při výběru je potřeba také pamatovat na kompatibilitu tématu. Témata se s každou verzí trochu mění a použít nekompatibilní téma by znamenalo problémy se zobrazováním, proto vám je phpMyAdmin ani neumožní vybrat.
Instalace tématu je jednoduchá, stačí rozbalit archív s tématem do adresáře themes a pak již jen vybrat v phpMyAdminovi. Pokud na seznamu svoje právě nainstalované téma nevidíte, pravděpodobně jste vybrali nekompatibilní verzi.