Dnes vyšly dvě nové verze phpMyAdmina. Obě opravují několik bezpečnostních problémů – neošetřené vkládání souboru, XSS pomocí cookies na stránce s exportem a možnost vložení cizího kódu do generovaného konfiguračního souboru. Každý kdo používá řadu 3.1 by měl aktualizovat.